Mediante la Ley N° 26.168/06, se crea a la Autoridad de Cuenca Matanza-Riachuelo como ente de Derecho Público interjurisdiccional en el ámbito de la Secretaría de Ambiente y Desarrollo Sustentable de la Jefatura de Gabinete de Ministerios.
La misma está compuesta por ocho (8) integrantes, entre ellos el titular de la Secretaría de Ambiente y Desarrollo Sustentable de la Jefatura de Gabinete de Ministros, que es quien ejerce la presidencia.
Dicha Autoridad de Cuenca, tiene facultades de regulación, control y fomento respecto de las actividades industriales, la prestación de servicios públicos y cualquier otra actividad con incidencia ambiental en la Cuenca, pudiendo intervenir administrativamente en materia de prevención, saneamiento, recomposición y utilización racional de los recursos naturales.
En particular, la Autoridad está facultada para:
Que mediante la Ley Nº 2.217 la Ciudad Autónoma de Buenos Aires adhirió a los términos de la mencionada Ley Nacional que crea a la ACuMaR.
Por medio del Decreto Nº 512/10 se designó como representantes del Gobierno de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires en la ACuMaR, al Señor Presidente de la Agencia de Protección Ambiental (APrA), Javier Francisco Corcuera Quiroga, y por el Ministerio de Desarrollo Urbano (MDU) al Ing. Sergio Agostinelli.